|
|
Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Haelewaters, Danny (oponent) ; Janko, Karel (oponent)
Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...
|
|
|
Molekulární variabilita a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides (Bacillariophyceae)
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Bešta, Tomáš (oponent)
Použití molekulárních metod k přezkoumání taxonomicky problematických druhů rozsivek upozornilo na nedostatečnost morfologického druhového konceptu. Vymezení druhů pouze na základě křemičité schránky často vedlo k příliš širokému pojetí druhů a nutně i k chybným závěrům ohledně jejich ekologie a biogeografie. To, že bylo mnoho druhů rozsivek v minulosti považováno za kosmopolitní generalisty, vedlo k vytvoření teorie, že jejich šíření není limitováno geografickou vzdáleností. Zejména v poslední době však roste počet studií, které ukazují, že šíření rozsivek podléhá podobným pravidlům jako šíření makroorganizmů. Předkládaná diplomová práce se věnuje problematice diverzity a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides sensu lato v Evropě a na Novém Zélandě. Výsledky práce ukázali, že: (1) objevená molekulární variabilita v tomto komplexu nese jasný ekologický a biogeografický signál, ale nekoreluje s morfologií. Toto zjištění je dalším důkazem, že je nezbytně nutné přehodnotit tradiční druhový koncept. (2) Značně nevyrovnaný poměr celkové diverzity druhů rodu Frustulia nalezených na ekologicky podobných lokalitách v Evropě a na Novém Zélandě potvrzuje, že i šíření rozsivek je omezené a že je tedy nutné se zabývat i jejich biogeografií.
|
|
|
Species concept in the genus Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta): a combination of molecular and morphological approaches
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Hodač, Ladislav (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na problematiku druhového konceptu zelené aerofytické řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Tento rod byl intenzivně studován již od 18. století. Po více než 200 let byly druhy rodu Trentepohlia tradičně určovány na základě morfologických znaků. Nedávné molekulární studie však ukázaly, že toto tradiční pojetí má řadu nedostatků. Mým cílem proto bylo detailně morfologicky prostudovat druhy rodu Trentepohlia v Evropě a pomocí následné sekvenace rbcL genu zhodnotit jejich fylogenetickou pozici. Během let 2013-2015 jsem detailně prostudovala nejstarší zmínky o druzích rodu Trentepohlia a sestavila určovací klíč pro evropské druhy. Na základě tohoto výzkumu jsem došla k závěru, že by bylo vhodné synonymizovat druh T. odorata s T. jolithus, a též T. uncinata s T. arborum. Též jsem provedla odběry vzorků druhů rodu Trentepohlia v rámci Evropy a jejich morfologii jsem pečlivě prostudovala a popsala. V rámci molekulárních analýz jsem využila klonování a odhalila častou přítomnost směsi jednotlivých druhů rodu Trentepohlia v jinak na první pohled homogenních nárostech. Fylogenetické analýzy založené na rbcL potvrdily rozpory mezi molekulárně a morfologicky určenými druhy a existenci kryptických druhů. Bude vhodné provést revizi na druhové i rodové úrovni a uspořádat tak...
|
|
|
Taxonomy, diversity and clinical relevance of the genus Aspergillus
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Labuda, Roman (oponent) ; de Beer, Wilhelm (oponent)
Aspergillus je druhově bohatý rod zahrnující téměř 400 druhů, který má velký ekonomický význam v oblastech medicíny, potravinářství, farmakologii a biotechnologických disciplínách. Výzkum zahrnutý v této práci se zaměřuje na aktuální problémy týkající se rodového konceptu, podrodové klasifikace a delimitace druhů. Práce reaguje na potřebu taxonomických revizí některých sekcí a druhových komplexů, a poskytuje nové informace o etiologii aspergilózy. Citlivosti k běžně užívaných antimykotikům jsou poskytnuty pro některé méně běžné oportunní patogeny. Taxonomická část práce přispěla k taxonomické stabilitě a novému konceptu rodu Aspergillus, který se změnil v reakci na přerušení duální nomenklatury u hub. Byl shromážděn dostatek argumentů (např. ověření monofilie, jednotící fenotypové znaky) pro zachování širokého pojetí rodu a vyhnutí se jeho rozdělení na několik rodů. Všechny rody typifikované jmény teleomorf a mající anamorfu Aspergillus byly synonymizovány s rodem Aspergillus, a byla vybrána vhodná jména podle pravidel priority; byly vytvořeny nové kombinace pro teleomorfní druhy, které postrádaly příslušná jména v rodě Aspergillus. Tato práce také přispěla ke zdokonalení podrodového členění prostřednictvím návrhu čtyř nových sekcí v podrodu Circumdati, které byly vytvořeny pro druhy s dosud...
|
|
|
Taxonomy, diversity and clinical relevance of the genus Aspergillus
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Labuda, Roman (oponent) ; de Beer, Wilhelm (oponent)
Aspergillus je druhově bohatý rod zahrnující téměř 400 druhů, který má velký ekonomický význam v oblastech medicíny, potravinářství, farmakologii a biotechnologických disciplínách. Výzkum zahrnutý v této práci se zaměřuje na aktuální problémy týkající se rodového konceptu, podrodové klasifikace a delimitace druhů. Práce reaguje na potřebu taxonomických revizí některých sekcí a druhových komplexů, a poskytuje nové informace o etiologii aspergilózy. Citlivosti k běžně užívaných antimykotikům jsou poskytnuty pro některé méně běžné oportunní patogeny. Taxonomická část práce přispěla k taxonomické stabilitě a novému konceptu rodu Aspergillus, který se změnil v reakci na přerušení duální nomenklatury u hub. Byl shromážděn dostatek argumentů (např. ověření monofilie, jednotící fenotypové znaky) pro zachování širokého pojetí rodu a vyhnutí se jeho rozdělení na několik rodů. Všechny rody typifikované jmény teleomorf a mající anamorfu Aspergillus byly synonymizovány s rodem Aspergillus, a byla vybrána vhodná jména podle pravidel priority; byly vytvořeny nové kombinace pro teleomorfní druhy, které postrádaly příslušná jména v rodě Aspergillus. Tato práce také přispěla ke zdokonalení podrodového členění prostřednictvím návrhu čtyř nových sekcí v podrodu Circumdati, které byly vytvořeny pro druhy s dosud...
|
|
|
Species concept in the genus Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta): a combination of molecular and morphological approaches
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Hodač, Ladislav (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na problematiku druhového konceptu zelené aerofytické řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Tento rod byl intenzivně studován již od 18. století. Po více než 200 let byly druhy rodu Trentepohlia tradičně určovány na základě morfologických znaků. Nedávné molekulární studie však ukázaly, že toto tradiční pojetí má řadu nedostatků. Mým cílem proto bylo detailně morfologicky prostudovat druhy rodu Trentepohlia v Evropě a pomocí následné sekvenace rbcL genu zhodnotit jejich fylogenetickou pozici. Během let 2013-2015 jsem detailně prostudovala nejstarší zmínky o druzích rodu Trentepohlia a sestavila určovací klíč pro evropské druhy. Na základě tohoto výzkumu jsem došla k závěru, že by bylo vhodné synonymizovat druh T. odorata s T. jolithus, a též T. uncinata s T. arborum. Též jsem provedla odběry vzorků druhů rodu Trentepohlia v rámci Evropy a jejich morfologii jsem pečlivě prostudovala a popsala. V rámci molekulárních analýz jsem využila klonování a odhalila častou přítomnost směsi jednotlivých druhů rodu Trentepohlia v jinak na první pohled homogenních nárostech. Fylogenetické analýzy založené na rbcL potvrdily rozpory mezi molekulárně a morfologicky určenými druhy a existenci kryptických druhů. Bude vhodné provést revizi na druhové i rodové úrovni a uspořádat tak...
|
|
|
Molekulární diverzita a druhový koncept aerofytické zelené řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta)
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Štifterová, Anna (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o zelených aerofytických řasách rodu Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Nejprve se v ní zabývám obecným popisem čeledi Trentepohliaceae a rodu Trentepohlia, zejména morfologií, ultrastrukturou a rozmnožováním. Dále shrnuji poznatky z dostupné literatury o druzích rodu Trentepohlia, které rostou v České republice. Zabývám se též problematikou symbiotických vztahů těchto řas s různými organismy, i zvláštnostmi jejich růstu, které jsou spojené nejen s ekologickými důsledky. Nakonec v rešerši uvádím problematiku určování druhů pomocí tradičních morfologických metod a metod molekulárních. Z rešerše plyne, že rod Trentepohlia jsou zelené chlorofytní řasy v řadě aspektů zvláštní - zejména co do přítomnosti různých struktur v buňce (jako plasmodesmy, MLS, karotenoidy, atd.). Také se naskytl problém určování jednotlivých druhů. Druhy byly bezmála dvě stě let určovány podle morfologických znaků. Nicméně molekulární metody jsou s těmito tradičními metodami často v rozporu. Bude proto nutná reorganizace již na úrovni rodů. Klíčové je nalezení fylogeneticky relevantních morfologických určovacích znaků.
|
|
|
Molekulární metody v taxonomii a epidemiologii dermatofyt
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hamal, Petr (oponent)
V bakalářské práci jsem se zabývala úlohou a aplikací molekulárních metod v taxonomii a epidemiologii dermatofyt a otázkou jejich druhového konceptu. V první části jsem se věnovala zhodnocení výhod a nevýhod současných druhových konceptů a jejich problematickou aplikací u skupiny dermatofyt. V druhé části jsem se zaměřila na molekulární metody používající genetické markery ke studiu fylogenetických vztahů a diskriminaci dermatofyt, např. metodu PCR-RFLP, PCR-fingerprintové metody a sekvenaci, kde jsem se věnovala především cílovým genům a jejich rozlišovací schopnosti. V poslední části práce jsem zmapovala molekulární metody užívané k typizaci izolátů na nižší než druhové úrovni, mezi které patří např. analýza mikrosatelitů, PCR-fingerprintové metody, multilokusová sekvenční typizace a jejich konkrétní případy využití v epidemiologii.
|
|
| |
|
|
Molekulární variabilita a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides (Bacillariophyceae)
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Bešta, Tomáš (oponent)
Použití molekulárních metod k přezkoumání taxonomicky problematických druhů rozsivek upozornilo na nedostatečnost morfologického druhového konceptu. Vymezení druhů pouze na základě křemičité schránky často vedlo k příliš širokému pojetí druhů a nutně i k chybným závěrům ohledně jejich ekologie a biogeografie. To, že bylo mnoho druhů rozsivek v minulosti považováno za kosmopolitní generalisty, vedlo k vytvoření teorie, že jejich šíření není limitováno geografickou vzdáleností. Zejména v poslední době však roste počet studií, které ukazují, že šíření rozsivek podléhá podobným pravidlům jako šíření makroorganizmů. Předkládaná diplomová práce se věnuje problematice diverzity a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides sensu lato v Evropě a na Novém Zélandě. Výsledky práce ukázali, že: (1) objevená molekulární variabilita v tomto komplexu nese jasný ekologický a biogeografický signál, ale nekoreluje s morfologií. Toto zjištění je dalším důkazem, že je nezbytně nutné přehodnotit tradiční druhový koncept. (2) Značně nevyrovnaný poměr celkové diverzity druhů rodu Frustulia nalezených na ekologicky podobných lokalitách v Evropě a na Novém Zélandě potvrzuje, že i šíření rozsivek je omezené a že je tedy nutné se zabývat i jejich biogeografií.
|
host ::
RSS.